月經干凈后兩天同房后有褐色分泌物可能是月經殘留、排卵期出血、宮頸息肉、子宮內膜炎、宮頸炎等原因所致。建議及時就醫，遵醫囑處理。
1.月經殘留：月經剛結束時，子宮和陰道內可能還有少量殘留的經血，同房刺激可能導致此類殘留血液排出，表現為褐色分泌物，可能伴有輕微下腹墜脹感。一般無需特殊處理，保持外陰清潔，觀察分泌物情況即可。
2.排卵期出血：如果處于排卵期，體內激素水平變化可能引起少量子宮內膜脫落，出現褐色分泌物，一般持續2-3天，可伴有輕微腹痛。通常無需特殊處理，注意休息，保持外陰清潔。
3.宮頸息肉：宮頸局部組織增生形成息肉，同房時息肉受到刺激可能引起出血，表現為褐色分泌物。較小的息肉可暫不處理，定期復查；較大的息肉可能需要手術切除，以達到去除息肉的目的。
4.子宮內膜炎：細菌等病原體侵入子宮內膜引起炎癥，可導致同房后出現褐色分泌物，還可能伴有下腹疼痛、發熱等癥狀。可在醫生的指導下使用左氧氟沙星片、婦炎康片等藥物，發揮抗菌消炎的作用，改善子宮內膜炎癥狀。
5.宮頸炎：病原體感染宮頸，引發炎癥，可出現同房后褐色分泌物，還可能伴有白帶增多、異味等癥狀。可在醫生的指導下服用抗宮炎片、婦科千金片、甲硝唑片等藥物，具有清熱祛濕、化瘀止帶等作用，可緩解宮頸炎癥狀。
平時注意個人衛生，尤其是同房衛生，避免不潔同房。定期進行婦科檢查，及時發現和處理婦科疾病。出現異常情況不要自行用藥，應及時就醫。