腎結石手術后尿血顏色比較深，可能是手術創傷、碎石損傷尿道、摩擦、術后感染、手術不徹底等因素引起的，建議及時的進行針對性處理。
1、手術創傷：腎結石體外沖擊波碎石過程中，可能會引起腎臟血管的損傷，經皮腎鏡碎石取石術，穿刺可直達腎盂腎炎，可能引起腎血管損傷；開放手術治療會損傷腎臟，都可能引起尿血的癥狀，通常一段時間后可自然恢復。
2、碎石損傷尿道：手術后，部分細小腎結石在排出尿道過程中，有劃傷輸尿管、膀胱的風險，引起尿血癥狀，顏色可能比較深。此時要注意多喝水，加速腎結石的排出。
3、摩擦：有些患者在術后需要留置尿道管引流，活動時可能會因摩擦導致尿中有血，此時要注意避免過度活動，以臥床休息為主。
4、術后感染：腎結石手術后引流管護理不到位，可引起感染，容易誘發輸尿管炎、尿道炎等炎癥，造成尿血的癥狀。可遵醫囑使用阿莫西林膠囊、頭孢拉定膠囊等藥物控制感染。
5、手術不徹底：如果手術不徹底，腎臟中還存在比較小的腎結石顆粒，就會繼續刺激腎臟，出現尿血的現象。必要時需要再次手術進行治療。
恢復期間注意飲食清淡，避免煙酒刺激。