色素性毛表皮痣是有可能被徹底清除的，但具體情況因多種因素而異，建議及時就醫診治，謹遵醫囑。
色素性毛表皮痣主要是由于表皮中的黑素細胞數量增多和功能活躍導致的。目前，多種治療方法對其有一定的效果。如激光治療，通過多次治療，能夠使色素沉著逐漸減輕。對于面積較小、顏色較淺的色素性毛表皮痣，激光治療后的改善效果較為明顯，有可能達到幾乎完全清除的程度。如果色素性毛表皮痣的面積不大，邊界比較清晰，手術完整切除病變組織后，再進行精細的縫合，能有效去除痣體。不過，手術會留下一定的瘢痕，需要考慮美觀問題。
然而，對于面積大、顏色深且邊界模糊的色素性毛表皮痣，完全清除會比較困難。因為這類痣的色素細胞分布范圍廣，治療過程中很難將所有異常的色素細胞都去除干凈，而且治療后復發的可能性也相對較高。