葛根湯和桂枝湯雖然同屬辛溫解表類的方劑，但二者在藥物組成、功效主治等方面具有明顯的區別。因此，臨床應用時，需要根據病人的癥狀體征，選擇針對性的藥物進行治療，以便取得良好的治療效果。
1、藥物組成：桂枝湯主要由桂枝、白芍、甘草、大棗、生姜等藥物組成，而葛根湯是以桂枝湯為底，加以葛根和麻黃組成。另外，二者在藥方組成的用量上存在明顯的區別，其中桂枝湯中的桂枝和白芍較葛根湯多一兩，故二者在藥物組成上存在差別；
2、功效主治：葛根湯具有發汗解表、生津舒筋的作用。臨床上主要治療外感風寒表實證，以項背強痛、無汗、惡風為主癥。而桂枝湯具有發汗解肌、調和營衛的作用。臨床上主要治療外感風寒表虛證，以頭痛、發熱、汗出、惡風、鼻鳴、干嘔為主癥。此外，葛根湯是由桂枝湯發展而來，在發汗解表方面，葛根湯優于桂枝湯。