小孩發燒后腦神經受損，需要根據不同的病因進行治療，通常小孩正處于免疫功能相對較弱的階段，容易受到感染引起發燒，通常可以采用非藥物治療以及藥物治療進行處理。
1、非藥物治療：讓小孩充分休息，避免過度勞累或思考，加重大腦負擔，不利于神經恢復，若小孩已經出現腦神經受損癥狀，可配合康復訓練進行干預，如運動訓練、語言訓練等，幫助促進神經恢復。若小孩發燒后腦神經受損與缺氧有關，可應用高壓氧治療，促進神經修復，從而改善缺氧狀態。還可以選擇針灸、按摩等方式，刺激經絡穴位，從而調節腦功能，緩解腦神經損傷。
2、藥物治療：若是中樞神經系統的感染，如病毒性、細菌性、結核性腦炎、腦膜炎等引起發燒，需要選擇敏感的抗生素、抗病毒藥物、抗結核藥物進行積極的治療，如阿昔洛韋、阿莫西林、鏈霉素等。同時可服用對乙酰氨基酚、布洛芬等退燒藥物，若出現顱內壓增高，可以使用甘露醇、呋塞米等，從而改善該癥狀。必要時需要同時應用營養腦神經的藥物，如維生素B1、維生素B6、維生素B12、甲鈷胺等，對于改善受損神經的功能有一定的幫助。
大多數小孩經過上述的有效治療后，神經受損的程度會逐漸得到改善。同時建議家屬掌握相關育兒知識，發熱期間要保持室內適宜的溫濕度和空氣流通，當體溫低于38.5度時，讓小孩多飲水，給予額頭冷敷等物理降溫，并及時就醫。