頭花蓼的禁忌主要有不適宜孕婦、脾寒虛弱者使用，使用期間還忌煙酒。
1、不適宜孕婦：頭花蓼藥食兩用的植物，主要成分為黃酮類、酚酸、木脂素類、三萜類、揮發性成分等，具有抗菌消炎、活血化瘀、解熱鎮痛等藥理作用，常用于輔助治療痢疾、腎盂腎炎、膀胱炎、尿路結石、跌撲損傷等病癥。由于該藥物具有一定的活血化瘀的效果，通常不適宜孕婦使用，否則可能會增加流產概率。
2、不適宜脾寒虛弱者：頭花蓼一般全草可入藥，性涼，味苦、辛，歸腎、膀胱經，是一種偏于寒涼的食物。若是脾寒虛弱者使用了該藥物，可能會導致寒氣入體容易引起病情加重，不利于患者身體的恢復。
3、忌煙酒：煙酒都是較為刺激的食物，若是使用頭花蓼期間，通常需要患者注意忌食煙酒，主要是因為煙酒通常會與藥物中的部分成分反應，可能會影響藥效發揮，同時藥物以及煙酒的有害成分，常會在肝腎處代謝，若是使用不當，通常會導致臟器損傷。
作為藥物，頭花蓼具有一定的禁忌，加上患者病情不同，所以使用該藥物時，通常建議在醫生指導下合理地使用，避免刺激身體。