薯蕷丸和補中益氣丸的區別通常在于成分不同以及治療的疾病有所不同，但是在使用藥物時需要按照醫囑使用。
1、成分不同：薯蕷丸是中成藥，主要是由茯苓、阿膠、甘草、桂枝、地黃等藥物組成，補中益氣丸主要成分有炒白術、黨參、陳皮、柴胡等。
2、治療疾病不同：薯蕷丸通常用于治療血氣兩虧導致的胃脘部疼痛、閉經、月經不調、痹癥等情況，補中益氣丸對于脾胃虛弱、氣機下沉導致的脫肛、腹瀉、肛門下垂等疾病具有一定的治療效果。