真菌孢子陽性通常是指真菌大量繁殖形成真菌孢子，說明機體存在嚴重的真菌感染，需要進行抗真菌治療。真菌孢子陽性常見于外陰陰道假絲酵母菌病、真菌性腸炎等，不同部位、不同器官出現真菌孢子陽性，需要給予不同的方法進行治療，從而達到根治的效果。
1、外陰陰道假絲酵母菌病：患有外陰陰道假絲酵母菌病時，會出現陰道分泌物增多、瘙癢、刺痛等癥狀，患者可以在醫生指導下使用伊曲康唑膠囊、氟康唑膠囊、制霉菌素片等藥物，上述藥物具有廣譜抗真菌作用，可以導致細胞膜通透性改變，使針對真菌孢子的細胞內容物從細胞內漏出，從而發揮抗真菌作用；
2、真菌性腸炎：腸道也會感染真菌，從而出現真菌性腸炎，在大便里可以檢測到真菌孢子，顯示為真菌孢子陽性。患者可以適當使用地衣芽孢桿菌活菌膠囊、雙歧桿菌四聯活菌片等藥物進行治療，也可以遵醫囑使用酮康唑膠囊、灰黃霉素片等藥物進行治療，通過干擾真菌的核酸合成而抑制其生長。