幽門螺旋桿菌在臨床上指幽門螺桿菌，如果患者胃鏡檢查中使用了HE染色檢查或使用IHC染色測試，檢查后如果在胃鏡報告中顯示幽門螺桿菌HE染色或IHC染色陽性，此時通常提示患者出現幽門螺桿菌感染。
但使用胃鏡檢查幽門螺桿菌屬于侵入性幽門螺桿菌檢驗法，臨床上其實對于幽門螺桿菌的檢查，通常更推薦使用C-13或C-14呼氣試驗進行非侵入式檢查，而且檢查較為方便，準確度也較高。
雖然C-13和C-14呼氣試驗的優點為安全、準確、無創傷，但需注意檢查前患者需停用抗生素4周、停胃藥1周，空腹進行檢查，檢查前30分鐘避免進食、進水、吸煙以及劇烈運動。一般C-13呼氣試驗的正常值為0-4，C-14呼氣試驗的正常值為0-100，如果超出正常值，檢測結果會顯示陽性，提示患者出現幽門螺桿菌感染。