海螵蛸的副作用常見為過敏反應、胃腸道不適、上火、藥物中毒、肝腎功能受損等。
1、過敏反應：海螵蛸中含有豐富的蛋白質、礦物質等營養物質，如果患者對其成分過敏，使用后可能會出現皮膚瘙癢、紅腫、疼痛，甚至過敏性休克等過敏反應。
2、胃腸道不適：海螵蛸具有收斂止血、澀精止帶、制酸止痛等功效，但如果患者未遵醫囑按時按量服用，可能會加重胃腸道負擔，引起腹痛、腹脹、胃痛、腸蠕動減慢、消化不良、反酸等胃腸不適癥狀。
3、上火：海螵蛸性溫，如果患者長期大量服用，可能會導致體內陰陽失衡，出現上火癥狀，如口干舌燥、口舌生瘡、咽喉腫痛、便秘等。
4、藥物中毒：海螵蛸中含有豐富的有機酸，如果患者長期大量服用，可能會導致體內的有機酸積聚，從而引起惡心、嘔吐等藥物中毒的癥狀。同時，海螵蛸中含有一種多肽類的物質，過多的食用會阻礙腸道運行，導致大便不通暢的后果。此外，海螵蛸與白斂、白及、附子等藥物相克，如果一起使用，可能會出現中毒的情況。
5、肝腎功能受損：如果患者盲目使用海螵蛸，可能會損傷肝腎功能，從而出現尿頻、尿急等現象，甚至影響到正常的生活。
需注意用藥時務必謹遵醫囑，同時，服用海螵蛸期間，患者應避免食用咖啡、濃茶或辛辣刺激等食物，以免加重胃腸道負擔或影響藥效。