磁共振檢查的原理是對主磁體內靜磁場中的人體施加某種特定頻率的射頻脈沖，使人體組織中的氫核受到激勵而發生磁共振現象，因此磁共振不是X光成像，所以幾乎沒有輻射。
在醫學上，用于檢查的磁共振的場強均低于3.0T，3.0T以上的通常用于實驗，據科學論證，低于3.0T的對人體較為安全。但是對特殊人群，磁共振會有其他方面的影響，例如體內有植入金屬異物時盲目進行磁共振檢查，異物和磁場發生共振，可能導致金屬鋼板移位，導致鋼板松動，甚至會影響磁共振儀器。磁共振運行時可以產生熱能，對人體有一定的致熱作用，并且磁共振檢查時噪聲比較大，對一些患者的聽力會有影響。此外，磁共振對幽閉恐懼癥患者，可能導致癥狀的進一步加重。磁共振增強檢查時，對比劑也有可能發生過敏反應。
因此，磁共振檢查前也要嚴格的掌握適應證，體內有心臟起搏器或鐵磁性金屬物質，以及幽閉恐懼癥患者、危重搶救病人、懷孕前三個月內的孕婦都是檢查的禁忌證。