通常情況下，懷孕6周小便有褐色分泌物可能是先兆流產、宮頸息肉、宮頸炎等原因導致的，不同原因可采取不同的治療方式。具體情況分析如下：
1.先兆流產：先兆流產是指妊娠28周前出現少量陰道流血，繼而出現陣發性下腹痛或腰背痛，因此懷孕6周小便有褐色分泌物可能先兆流產導致的，患者可以在醫生指導下使用地屈孕酮片、黃體酮膠囊、固腎安胎丸等藥物進行治療。此外患者還應該臥床休息，避免勞累，保持一個愉悅的心情，以保住胎兒。
2.宮頸息肉：宮頸息肉是發生在宮頸部位的良性病變，主要癥狀為少量出血、白帶異常等，因此懷孕6周小便有褐色分泌物可能是宮頸息肉導致的。懷孕時一般不建議進行治療，患者可以在生產后通過宮腔鏡下電切術、子宮頸錐形切除術、子宮息肉摘除術等方式進行治療。日常生活中，患者應注意個人衛生，多喝熱水，穿舒適寬松的棉質內衣褲，還可以散步、做操、打太極等，以促進身體的恢復。
3.宮頸炎：宮頸炎是指發生于子宮頸的炎癥，患者一般會出現陰道分泌物增多、白帶異味、陰道不規則出血等癥狀，因此懷孕6周小便有褐色分泌物可能是宮頸炎導致的。懷孕時一般不建議進行治療，患者可以在生產后在醫生指導下使用注射用頭孢曲松鈉、鹽酸多西環素片、鹽酸克林霉素膠囊等藥物進行治療。此外，患者還可以通過激光治療、冷凍治療、微波治療等方式進行治療。