腦主干堵塞如果能夠及時得到治療，一般能夠治好，但是部分患者會遺留下后遺癥。腦主干堵塞通常是指頸內動脈堵塞、梗死，包括頸動脈、大腦中動脈等部位的梗死。出現上述情況，通常可以采取快速溶栓、腦保護治療、支架介入治療等方式進行治療。
1、快速溶栓：患者如果急性期的時候，也就是超急性期6小時內，通過評估需要快速進行溶栓、取栓治療，打通血管，可以為后續的治療提供幫助；
2、腦保護治療：如果患者出現腦主干堵塞，可以使用腦保護的藥物治療，例如依達拉奉等，也可以使用改善微循環的藥物，包括丁苯酞等，改善由于腦主干堵塞引起的腦損傷，改善血液循環，盡可能縮小腦主干堵塞的范圍，從而發揮治療作用。另外還可以給予患者阿司匹林、阿托伐他汀鈣等，改善血液循環和血管硬化的癥狀，預防再次發生腦主干堵塞；
3、支架介入治療：如果患者的情況較為嚴重，或出血傾向明顯，無法進行溶栓治療，則可能需要進行支架取栓手術，也就是醫生使用導絲、導管、球囊、支架等手術器械，對發生堵塞的腦主干進行擴張、清理、支撐，將血栓等病灶進行清理，恢復大腦供血，緩解腦主干堵塞的癥狀。可通過3D-DSA輔助取栓，這種方式可以對于腦血管解剖結構進行清晰的顯示，能夠幫助介入科醫師迅速、準確定位到病變的血管，而且可以選取較佳的圖像，提高支架取栓術療效。手術后的短期神經功能恢復更加理想，還能更好地實現術后血管再通，達到較為理想的手術結局，有助于恢復患者的神經功能；
4、康復治療：如果出現腦主干堵塞，在疾病的后期需要進行康復鍛煉，多數患者可以在6個月內得到恢復，恢復比較好的患者，可基本上恢復正常功能。大部分患者可能會留下部分后遺癥，后續還要依靠康復鍛煉與藥物預防再次發生。
腦主干堵塞的患者，如果治療及時，即患者在發病3小時內及時進行上述治療，可以最大程度的減輕后遺癥的出現幾率。如果發病超過6小時，則治療難度、后遺癥的發生幾率會升高，因此對于腦主干堵塞的患者，需要積極進行治療。