試管雙胞胎跟自然懷雙胞胎通常是一樣的，在本質上并無顯著差異。
試管雙胞胎通常是通過采集卵細胞和精子，在體外試管環境中培養受精卵。然而，當確認受精卵生成的胚胎是活躍的，就會將其移植到女性宮腔以完成著床和進一步的發育。因此，胚胎在宮腔內的發育過程與自然妊娠階段是完全一致的，所生下的新生兒也沒有顯著差異。因此，可以認為，試管雙胞胎的出現是由于人類生殖技術進步和社會發展所帶來的必然結果。此外，通過體外受精得到的卵細胞和精子主要是由夫婦雙方提供的，只有當其中一方的生殖細胞出現嚴重問題時，才會考慮使用其他供體的生殖細胞。
然而，由于體外受精產生的雙胞胎大多是異卵雙胞胎，而自然妊娠的情況下也存在同卵雙胞胎的可能性，因此在這一方面也可能有所不同，但這通常不會對新生兒的生長和發育產生不良影響。