馬蹄蓮有一定毒性，馬蹄蓮能夠進行藥用，具有清熱解毒的功效，主要用于治水火燙傷，搗爛后外敷于患處即可。由于存在一定毒性，通常不建議進行內服，如需使用需謹遵醫囑，若出現不適癥狀，應立即就醫，以免對身體造成不良影響。
馬蹄蓮中含有草本鈣結晶和生物堿等成分，誤食后可能會導致嗜睡，甚至昏迷等中毒癥狀。一般誤食馬蹄蓮的根、葉、莖時，可能會由于生物堿及結晶的作用，導致舌頭出現腫脹麻木感等。而馬蹄蓮中的有毒物質草酸鈣作用于人體，并不會立即出現不適癥狀，一般在腸胃將其吸收后與血液相結合，導致不同的離子和化合物沉積，會形成各種類型的結石晶體，還可能會導致尿路結石。
由于馬蹄蓮性質偏寒，服用過量可能會導致出現惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等胃腸道不適癥狀。尤其是脾胃虛寒、腹痛腹瀉的患者，應注意慎用馬蹄蓮，以免加重病情。此外，孕婦、幼兒、老人應禁用馬蹄蓮，以免影響身體健康。