引起食管鱗狀上皮增生的原因很多，首先考慮是反流性食管炎、十二指腸炎、胃炎、食管潰瘍等原因引起，其次，可能是癌癥造成，需要就醫治療。
1、反流性食管炎：通常是抗反流功能下降、食管黏膜防御屏障減弱引起，癥狀表現為上腹部燒灼感、胸痛、反酸等，并且會導致胃酸刺激食道黏膜，引起增生。需要遵醫囑服用鹽酸伊托必利片、多潘立酮片、健胃消食片等藥物治療。
2、十二指腸炎：是發生在十二指腸黏膜的炎癥，會出現上腹部疼痛、消化道出血、食欲下降等癥狀，隨著病情的發展，可能會導致炎癥刺激食管鱗狀上皮部位，造成異常增生。可以在醫生的指導下服用奧美拉唑腸溶膠囊、阿莫西林膠囊、枸櫞酸莫沙必利片等藥物治療。
3、胃炎：如果患有胃炎，會導致胃酸分泌過多，然后反流到咽喉部位，損傷食管周圍，造成鱗狀上皮增生。可遵醫囑服用膠體果膠鉍膠囊、枸櫞酸鉍鉀顆粒、蘭索拉唑腸溶片等藥物治療。
4、食管潰瘍：如果患有此疾病，會導致食管黏膜潰瘍，出現噯氣、嘔吐、燒心等癥狀，還會損傷鱗狀上皮細胞，造成常增生。需要遵醫囑服用硫糖鋁咀嚼片、泮托拉唑鈉腸溶片、雷貝拉唑鈉腸溶片等藥物治療。
5、癌癥：如果食管鱗狀上皮增生比較嚴重，可能是局部癌細胞出現了擴散以及轉移的情況，說明患有食管癌。需要遵醫囑通過化學治療，藥物有順鉑注射液、紫杉醇注射液、氟尿嘧啶注射液等。
治療期間需要調整飲食習慣，少食多餐，不可以暴飲暴食，以免影響身體恢復。