一般情況下，早孕女性小便后擦拭有褐色分泌物可能是陰道炎、先兆流產、異位妊娠等原因引起的，需要根據病因對癥治療，具體分析如下：
1.陰道炎：如果不注意個人衛生、不勤換洗內褲，可能會引起陰道炎，早孕女性小便后，在擦拭的過程中可能會出現褐色分泌物，還可能伴隨陰道瘙癢、紅腫等癥狀。建議女性遵醫囑使用克霉唑栓、苦參凝膠等藥物進行治療。平時要注意個人衛生，避免熬夜和過度勞累。
2.先兆流產：早孕女性如果不注意休息，經常做劇烈運動，可能會使子宮異常收縮，從而容易導致先兆流產，導致小便后擦拭有褐色分泌物。一般可以在醫生的指導下服用黃體酮膠囊、保胎靈膠囊、保胎無憂片等藥物進行保胎治療，平時要保持樂觀、積極向上的心態面對疾病。
3.異位妊娠：早孕女性如果輸卵管發育不良或者功能異常，可能會使受精卵著床在子宮以外的地方，容易導致異位妊娠，出現小便后擦拭有褐色分泌物的情況。早孕女性應及時去醫院就診，在醫生的指導下選擇合適的手術進行治療，如腹腔鏡手術、輸卵管切除術等。