進行腸鏡檢查時，應該先做腸道準備，直至排出無糞渣，呈清水樣或僅稍微帶一點黃色的大便才算干凈。如果腸道準備不好，可能受到糞便等腸內容物的干擾，而影響腸鏡檢查結果，出現漏診、漏查等情況。
通常在進行腸鏡檢查前，需注意吃軟米飯、軟面條、米粥等低渣易消化的食物。在進行腸道準備時，可遵醫囑服用聚乙二醇電解質散劑等瀉藥，一般是根據平時大便的情況進行服用，便秘可以適量多服，同時大量喝水，否則清理腸道的效果不理想。服用瀉藥后短時間內可以開始排出大便，如果仍然排出糞渣或黃色糞水，可以咨詢醫生加服瀉藥，或采用灌腸等方法清洗腸道，盡量清理干凈，不影響檢查結果。
腸鏡檢查還可以用于健康人群的體檢篩查。如果對疼痛耐受能力較差，也可選擇無痛腸鏡檢查。對于患有腸道疾病的人群，平時要注意飲食規律，避免辛辣刺激性飲食，避免暴飲暴食。當癥狀反復發作，自行用藥效果不好時，需及時到正規醫院就診，及時對癥治療，以免耽誤病情。