輸尿管軟鏡兩天后出現寒戰考慮是因為合并感染，需要及時做抗感染治療。
輸尿管軟鏡在檢查期間，如果衛生護理不恰當，出現了細菌或者真菌感染，通常會引起輸尿管出現炎癥性病變，在炎癥刺激的過程中會導致自身的免疫細胞損傷，可能會導致身體出現免疫反應，容易引起發燒，可能會表現出打寒戰的癥狀。
要及時到醫院配合醫生做尿檢以及泌尿系統彩超檢查，可以診斷出具體原因。如果有炎癥病變，則需要通過抗炎類的藥物治療，可以口服阿莫西林膠囊、左氧氟沙星膠囊等。