流產后第五天小腹兩邊和腰疼的原因包括子宮收縮復舊、感染、宮腔殘留、勞累過度、盆腔充血未消。建議及時就醫，根據原因遵醫囑治療。
1、子宮收縮復舊：流產后子宮通過收縮恢復原狀，過程中會引發小腹兩邊及腰部疼痛。可口服益母草顆粒、新生化顆粒、五加生化膠囊促進子宮收縮，多休息，避免著涼，若疼痛加劇或伴有出血增多等情況，需及時就醫查看，不可自行隨意加藥。
2、感染：術后護理不當，細菌入侵引發感染，造成疼痛。需就醫做血常規、婦科檢查等確診，遵醫囑口服頭孢克肟膠囊、甲硝唑片、替硝唑片抗感染，保持外陰清潔，勤換內褲，若用藥后癥狀未緩解，要盡快復診。
3、宮腔殘留：手術未將胚胎組織等清理干凈，殘留部分影響子宮恢復，導致疼痛。需就醫做超聲檢查明確，必要時再次清宮，術后可口服阿莫西林膠囊、羅紅霉素膠囊、阿奇霉素片預防感染，按醫囑按時復查，觀察恢復狀況。
4、勞累過度：流產后身體虛弱，若過早勞累，易引起身體不適，出現此類疼痛。要多休息，可適當熱敷疼痛部位緩解，若休息后疼痛仍持續，需就醫查看，遵醫囑進行相應處理。
5、盆腔充血未消：流產后盆腔處于充血狀態，短時間內可能未完全消退，引起疼痛。可采取熱敷下腹部、腰部的方式，促進血液循環，緩解充血，若疼痛加重或伴有墜脹感等，需就醫進一步排查其他問題，不可忽視不管。
若小腹兩邊和腰疼癥狀持續不緩解、加重，或伴有發熱、出血量增多、異味等異常表現，應及時就醫，明確病因后遵醫囑規范治療，不可自行盲目用藥。