孕酮低但是有胎心胎芽可能是黃體功能不全、甲狀腺功能減退、免疫因素影響、子宮內膜血流灌注不足、胚胎發育差異等因素所致，建議患者及時前往正規醫院就診檢查，在醫生的指導下選擇日常護理、藥物治療的方式進行處理。
1、黃體功能不全：黃體功能不全通常是由于黃體分泌孕酮不足引起。孕酮水平低可能導致子宮平滑肌興奮性增加，出現輕微腹痛等不適。患者可能還會有月經周期縮短、經量增多等癥狀。患者可以在醫生的指導下服用地屈孕酮片、黃體酮軟膠囊、烯丙雌醇片等藥物進行保胎治療。
2、甲狀腺功能減退：甲狀腺功能減退可能影響內分泌系統，導致孕酮合成減少。患者可能會感到乏力、怕冷、記憶力減退等。孕期甲狀腺功能減退還可能影響胎兒發育。患者可以在醫生的指導下服用左甲狀腺素鈉片進行治療。
3、免疫因素影響：免疫功能異常可能干擾胚胎的正常發育，導致孕酮水平波動。患者可能無明顯特殊癥狀，或有反復流產史。目前針對免疫因素的治療較為復雜，需根據具體情況制定合理方案，可能會使用低分子肝素鈉注射液、阿司匹林腸溶片等藥物進行治療。
4、子宮內膜血流灌注不足：子宮內膜血流灌注不足可能影響胚胎著床和發育，導致孕酮水平相對較低。患者可能出現月經量少、經期延長等癥狀。可以通過改善生活方式，如適當運動、避免久坐等，促進血液循環。若情況嚴重，可在醫生的指導下使用丹參注射液等藥物改善微循環。
5、胚胎發育差異：每個胚胎的發育速度和特點可能不同，可能在某個階段出現孕酮低但胎心胎芽正常的情況。患者一般無特殊癥狀，但需要密切觀察。此時應注意休息，避免劇烈運動和精神緊張，定期復查孕酮和超聲檢查，觀察胚胎發育情況。
患者在孕期要保持良好的心態，避免過度焦慮和緊張。同時，要注意飲食均衡，多攝入富含蛋白質、維生素等營養物質的食物。而且要嚴格按照醫生的要求進行產檢，如有異常情況及時就醫，遵醫囑進行治療。