瘧疾和痢疾雖然名稱相似，但是區別較大。兩者的區別主要表現在病因、傳播方式、臨床癥狀及治療方式上，具體分析如下：
1.病因：瘧疾的主要病因是瘧原蟲，而瘧原蟲主要來源是瘧疾患者和帶瘧原蟲者；疾痢是由痢疾桿菌引起的急性腸道傳染病，痢疾桿菌的主要來源是痢疾患者的大便。
2.傳播方式：瘧疾的傳播途徑主要為蚊蟲叮咬，傳播瘧疾的是中華按蚊、微小按蚊、雷氏按蚊和大劣按蚊。中華按蚊主要分布在平原地區；微小按蚊主要分布在山地地區；雷氏按蚊主要分布在丘陵地區；大劣按蚊主要分布在海南島山林地區。痢疾的傳播方式主要表現為痢疾桿菌通過患者的大便排出體外，經由手、食品、水源、蒼蠅、蟑螂等途徑，最終均經口部進入消化道。
3.臨床癥狀：瘧疾的主要臨床癥狀有發冷和發熱兩種，瘧疾有間日瘧、三日瘧、惡性瘧三種。間日瘧是每隔兩天發作一次，三日瘧是每隔三日發作一次，惡性瘧不定時發作。痢疾主要包括急性、慢性以及各種中毒性痢疾，主要癥狀有體溫升高、腹瀉、排血便等。
4.治療方式：治療瘧疾需要殺瘧原蟲，迅速退熱，并進行抗復發治療，治療瘧疾的主要藥物有氯喹、青蒿素等。治療痢疾需要明確病因，一般采用殺菌的方式進行治療，治療藥物主要是抗生素，比如甲硝唑、巴龍霉素等。