嬰兒益生菌菌株較多，常見菌株包括嗜酸乳桿菌、乳雙歧桿菌、羅伊氏乳桿菌、乳酸乳球菌等。嬰兒益生菌具有促進嬰兒消化吸收、改善胃腸道不適癥狀的作用，對人體有一定益處。
1、嗜酸乳桿菌：復方嗜酸乳桿菌片是腸道菌群調整藥物，可分解糖類產生的乳酸，提高腸道酸度，從而抑制腸道致病菌的大量繁殖；
2、乳雙歧桿菌：乳雙歧桿菌是雙歧桿菌的一種，雙歧桿菌能與其他厭氧菌共同占據腸黏膜表面，形成一個生物屏障，阻止病菌的定植與入侵。還能產生乳酸和乙酸，降低腸道pH值，抑制致病菌的生長；
3、羅伊氏乳桿菌：羅伊氏乳桿菌屬于乳桿菌屬，能夠抑制致病菌、調節免疫、減輕腹瀉，從而促進嬰兒腸道的健康；
4、乳酸乳球菌：是一種原核微生物，生長速度較快、代謝較快。乳酸乳球菌還可以使漿細胞樣樹突細胞發揮作用，在一定程度上增強免疫功能。
嬰兒益生菌菌株還包括枯草芽孢桿菌、丁酸梭菌等，建議家長在醫生的指導下選擇合適的益生菌給嬰兒使用，不要用溫度過高的水進行沖泡，避免益生菌失效。