放射免疫分析的優點是靈敏、特異、簡便易行、用樣量少、應用范圍廣等，常可測至皮摩爾。本法雖然也用放射性物質，但一般都是在測試樣品時再加入標記的同位素示蹤物，此示蹤物的放射性強度極低，一般不會對實驗者引起輻射損傷。
放射免疫分析的缺點是有時會出現交叉反應、假陽性反應，組織樣品處理不夠迅速，不能滅活降解酶和鹽、pH有時會影響結果、敏度受方法本身工作原理的限制，對體內某些含量特別低的物質尚不能測定、存在放射線輻射和污染等。