先天性輸卵管堵塞通常是可以在醫生的指導下選擇進行藥物治療，也可以在醫生的指導下選擇手術治療，很大程度上，如果患者先天性輸卵管堵塞的程度不是很嚴重，那么可以選擇使用活血化瘀的藥物，比如在醫生的指導下選擇口服散結鎮痛膠囊、少腹逐瘀顆粒進行治療，藥物的服用應謹遵醫囑。
如果使用藥物仍然沒有效果，也可以選擇手術治療，用輸卵管介入手術的方法，一般是在腹腔鏡下做輸卵管成形術，當藥物治療和手術治療都沒有辦法時，可以選擇試管中嬰兒，建議患者在出現先天性輸卵管堵塞時要積極就醫。