替加環素可以治療一部分顱內感染，也有些情況使用該藥物沒有效果，建議遵醫囑。
顱內感染是一類急性或慢性炎癥性、非炎癥性疾病，是病原微生物侵犯顱內的腦實質、腦膜及血管等引起的，病原微生物包括病毒、細菌、真菌、寄生蟲等。常見的顱內感染性疾病包括病毒性腦炎、化膿性腦膜炎、結核性腦膜炎、腦囊蟲病、腦膿腫等，在治療方面都先以抗感染為主，但是不同類型的顱內感染適合的藥物不同，替加環素通常可以治療化膿性腦膜炎、腦膿腫等。
但是如果患者的顱內感染類型是病毒性腦炎、結核性腦膜炎、腦囊蟲病等，替加環素是沒有治療效果的。因為替加環素是一種抗菌藥物，通過細菌培養顯示存在耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌，并且藥敏試驗顯示對替加環素敏感，一般才會應用替加環素進行治療。
出現并發癥時，患者需要輔助以手術治療，若治療不及時，可危及生命。建議平時多休息，保證充足睡眠，病情穩定可允許適當活動；進食高蛋白、高維生素的食物，如牛奶、雞蛋羹、豆漿等，避免進食刺激性食物，如冰淇淋、辣椒、火鍋等。