扁桃體結石一般不能通過藥物進行排出，通常采取保守治療及手術治療兩種治療方式。具體如下：
1、保守治療：如果患者的扁桃體結石較小，通常不會出現明顯的不適癥狀。此時可以在醫生指導下使用無菌棉簽將扁桃體結石輕刮取下，定期使用溫鹽水漱口幫助清除口腔細菌，同時還需要注意清淡飲食，多食用新鮮蔬菜和水果，避免食用辛辣刺激性食物，避免煙酒等。
2、手術治療：如果患者的扁桃體結石較大，常會出現口臭、反復咽痛、吞咽困難、異物感、反復咳嗽等不適癥狀。此時由于癥狀較重，通常需要去醫院采用扁桃體切除術來消除結石，避免復發。