消化內鏡科和消化內科的主要區別是二者治療消化道疾病的手段不同，以及治療的疾病范圍不同，在一般綜合性醫院里，消化內鏡科附屬于消化內科。消化內鏡科只是通過內鏡的方式進行診斷并治療疾病，而消化內科不僅有消化內鏡科的治療方法，還可通過其他方式治療消化系統疾病。
1、消化內鏡科：消化內鏡科主要是通過腔鏡，針對食管、胃、腸道、膽道等部位的疾病進行診斷，在診斷的同時，借助更加專業的腔鏡治療消化道疾病。消化內鏡科主要通過消化內鏡，包括常見的胃鏡、腸鏡、小腸鏡、超聲內鏡、子母鏡、膽道鏡等，在檢查診斷的同時通過消化內鏡進行穿刺、活檢。消化內鏡科還可以開展內鏡下治療，如內鏡下止血、食管狹窄擴張術、食管支架植入術等；
2、消化內科：消化內科涵蓋的意義較廣，所治療的疾病不只是腔鏡能看到的疾病，所有消化內科涉及的食管、胃、膽囊、胰腺、肝臟、腸道等部位的疾病，包括急慢性腸炎、胰腺炎、反流性食管炎等，都可以進行治療。消化內科的大部分疾病不只是通過內鏡來判斷，因此其治療方法比消化內鏡科豐富，如還可通過B超、引流等進行診斷及治療。
如果患者進行胃鏡、腸鏡等消化內科的檢查，當天早上應禁食、禁水，以防進食后食物殘渣及胃液影響內鏡下的觀察。檢查后應觀察30分鐘左右，如無明顯不適后再離開，檢查后遵醫囑判斷可進食的時間，且早期飲食應以清淡的流質食物為主，如南瓜粥、雞蛋湯等。