冷凍除疣一般要疼15-20天。因為冷凍除疣主要是用液氮冷凍，會對局部形成凍傷樣改變，以此達到治療的效果，所以需要一段時間恢復。
冷凍除疣主要是-200℃左右的液氮涂抹或外噴在病毒疣的皮膚表面上，通過超低溫使局部組織缺血、壞死、剝脫，從而使附著在皮膚表面的疣脫落，達到治療的目的。在組織缺血、壞死和脫落的過程中，會對周圍神經造成侵襲，會導致局部出現疼痛。個別人局部會出現水皰、大皰，破裂之后有可能會形成破潰、糜爛。一般疼痛的時間在15-20天，如果冷凍的層次較淺，15天之內就可以不再疼痛。如果冷凍的層次較深，疼痛的時間也會適當的延長，大概需要20天。
需要注意冷凍除疣雖然可以將皮膚表面的疣去除，但是單次治療可能并不能達到完全去除的目的，因此需要二次治療甚至三次治療才能達到理想的效果。后期在皮膚表面恢復平整之后，還需要涂抹重組人干擾素α2b凝膠，防止疾病復發。
