如果辨證準確，遵醫囑規范使用保元湯，一般沒有明顯的副作用。但如果使用不當，可能會有一些副作用，比如導致機體陰虛火旺，出現上火的癥狀。
保元湯主要是由人參、黃芪、甘草、肉桂等組成，具有益氣溫陽的作用，可用于改善虛損勞怯、元氣不足之病證。在現代臨床醫學上，可用于治療氣虛、陽虛導致的慢性腎炎、心動過緩、慢性胃炎等多種病癥。一般存在用藥適應證的人群，在醫生辨證指導下規范使用保元湯，有助于緩解病情，并不會引起明顯副作用。但部分人群如果本身體格比較健壯，沒有氣虛、陽虛的情況，或者沒有遵醫囑使用保元湯，用藥時間過長，可能會出現副作用，具體表現為眼干眼澀、大便秘結、小便短赤、口干舌燥等，還容易出現口舌生瘡，而且反復發作，極個別人群還有可能會出現心煩、睡不著覺、手腳發熱等副作用。
保元湯雖然屬于中藥類的滋補方劑，具體使用時也必須要經中醫醫生辨證論治，而且注意感冒期間不能夠服用。若出現副作用，建議及時就醫處理，并調整治療方案。