早上起來屁股和小腿肚子疼，通常與運動過度、坐骨神經痛、腰椎間盤突出癥等原因有關，需要根據不同的病因進行治療，具體分析如下：
1.運動過度：如果患者在前一天內的運動量比較大，容易導致皮膚、小腿肚子周圍的肌肉產生大量的乳酸，對肌肉組織產生刺激，導致患者出現早上起來屁股和小腿肚子疼的現象。患者要注意適當地休息，也可以在醫生的指導下使用雙氯芬酸鈉緩釋膠囊、布洛芬緩釋膠囊、復方傷痛膠囊等藥物進行治療。
2.坐骨神經痛：如果患者存在坐骨神經受壓的現象，通常會導致患者產生較為劇烈的疼痛，當疼痛比較嚴重時，可能會出現疼痛擴散的現象，出現早上起來屁股和小腿肚子疼的癥狀。患者可以按摩局部組織，促進局部的血液循環，也可以在醫生的指導下使用尼美舒利分散片、甲鈷胺膠囊、腺苷鈷胺片等藥物進行治療。
3.腰椎間盤突出癥：腰椎間盤突出癥容易導致患者的腰部神經組織受到壓迫，出現局部的感覺障礙，從而引起早上起來屁股和小腿肚子疼、麻木等癥狀。患者可以適當進行針灸，緩解局部的疼痛，也可以在醫生的指導下使用鹽酸乙哌立松片、氨酚曲馬多片、布洛芬緩釋膠囊等藥物來改善癥狀。