長期吃腎石通顆粒的危害包括誘發胃腸不適、加重肝腎負擔等，需要在專業醫生指導下按劑量服用藥物，不可以自行盲目使用，以免用藥不當而對身體健康產生危害。
1、誘發腸胃不適：腎石通顆粒是一種中成藥，方中金錢草、王不留行為君藥，萹蓄、瞿麥、海金沙、丹參、雞內金、牛膝、延胡索等為臣藥、木香為佐藥，整體藥性偏寒涼，長期吃可能會損傷脾胃陽氣，寒涼之邪凝集在脾胃而導致脾胃虛寒，出現腹瀉、腹痛、惡心、嘔吐等不適；
2、加重肝臟負擔：腎石通顆粒藥物成分復雜，進入體內后會通過肝臟代謝、腎臟排泄，長期吃容易加重肝腎負擔，損傷肝腎氣機，影響氣血的正常運行。另外，大量代謝產物堆積在體內無法正常排出，還可能會引發肝腎功能衰竭。
患者使用腎石通顆粒前需先到醫院就診，如果存在濕熱之邪下注膀胱、熱邪瘀滯、形成結石等情況，可遵醫囑使用該藥物，以緩解小便短數、尿道灼熱、刺痛等不適癥狀。用藥期間還需禁忌食用生冷、油膩的食物，如果出現不適，需在醫生指導下停止用藥或更換藥物。