3個月嬰兒有痰咕嚕咕嚕的可能與支氣管炎、肺炎等因素有關，建議及時就醫，明確具體原因后，在醫生的指導下通過采取一般治療、藥物治療以及其他治療進行處理。
1、一般治療：3個月嬰兒有痰咕嚕咕嚕的需要多喝溫開水以稀釋痰液，并適當通過拍背的方法促進排痰。將手掌呈空杯狀，避開中間的脊柱，由下而上、由兩側向中間拍背，同時避免喝糖水這類較為黏稠的液體，以免加重有痰癥狀；
2、藥物治療：需要在醫生指導下通過使用小兒化痰止咳顆粒、小兒咳嗽糖漿等藥物進行祛痰治療。同時還需要對因選擇阿莫西林顆粒、頭孢克肟顆粒等藥物消炎，或抗病毒口服液、磷酸奧司他韋顆粒等藥物進行抗病毒治療，使用羅紅霉素顆粒、阿奇霉素片等藥物治療支原體或衣原體感染；
3、其他治療：如果通過一般治療以及藥物治療后，寶寶的癥狀得不到緩解，需要在醫生指導下配合霧化吸入乙酰半胱氨酸霧化吸入溶液、吸入用鹽酸氨溴索溶液等藥物稀釋痰液，必要時采取電動吸痰術吸取呼吸道的痰液。