通常情況下，初中生內褲上有棕褐色的分泌物可能是月經初潮、盆腔炎、陰道炎等原因引起的，患者可以在醫生指導下對癥治療，具體分析如下：
1.月經初潮：初中生隨著身體發育，可能會來月經，引起月經初潮，而月經顏色可能是棕褐色的，所以初中生內褲上有棕褐色的分泌物可能是月經初潮引起的，這屬于一種正常的生理現象，一般是不需要特殊治療，但要保持局部衛生，避免感染，同時注意休息。
2.盆腔炎：盆腔炎是女性上生殖道感染引起的一組疾病，主要有腹痛、陰道分泌物異常、異常陰道出血等癥狀，所以初中生內褲上有棕褐色的分泌物可能是盆腔炎引起的，初中生可以根據醫囑使用注射用頭孢西丁鈉、阿奇霉素片、硫酸慶大霉素注射液等藥物進行治療。
3.陰道炎：陰道炎主要是病菌感染、外界刺激等因素引起的陰道炎癥，主要有陰道分泌物異常、陰道瘙癢、疼痛等癥狀，所以初中生內褲上有棕褐色的分泌物可能是陰道炎引起的，初中生可以根據醫囑使用硝酸咪康唑陰道片、制霉菌素片、替勃龍片等藥物進行治療。