先天性弱視不治療，會導致終身視力殘疾，缺乏視覺功能，可能還會出現斜視、眼球震顫等眼疾，有的患者還可以引發心理疾病。
1、終身視力殘疾：兒童視力會逐步發育成熟，兒童6-8歲時雙眼視覺可發育成熟。先天性弱視的兒童在8歲之前，如果得不到及時治療，容易影響視覺發育，可導致終身視力殘疾；
2、缺乏視覺功能：單眼或雙眼出現先天性弱視，如果在視覺發育期內得不到及時治療，容易缺乏視覺功能，導致雙眼不能出現同時視、融合視及立體視，可影響正常生活；
3、斜視：是由于弱視沒有得到及時治療，由于視物不清，大腦會更傾向于使用健康的眼睛，長期如此患眼可能喪失中心注視能力，而導致出現廢用性偏斜，出現斜視的問題；
4、眼球震顫：由于先天性視力缺陷，可引起視覺傳入徑路反饋紊亂，導致固視反射發育障礙，形成眼球震顫；
5、心理疾病：先天性弱視不治療會導致視力終身殘疾，并會給生活帶來諸多不便，如考大學不能選擇對視力及視功能要求比較嚴格的專業，并且在生活中也不能做精細的工作，久而久之可出現自卑、抑郁等心理疾病。