核磁共振成像一般能檢查出存在器質性病變的腸道疾病，但是對于非器質性病變的腸道疾病，可能無法查出。
核磁共振成像據所釋放的能量在物質內部不同結構環境中不同的衰減，通過外加梯度磁場檢測所發射出的電磁波，即可得知構成這一物體原子核的位置和種類，據此可以繪制成物體內部的結構圖像，能夠對腦部、甲狀腺、肝、膽、脾、腎、胰、子宮、卵巢、前列腺等實質器官進行診斷。如果腸道存在異常，能夠有助于明確腸道是否存在息肉、腫瘤等異常病灶，從而輔助診斷腸息肉、大腸癌、結腸癌等疾病，但是對于非器質性病變的腸道疾病，包括腸道菌群失調癥、慢性腸炎等疾病，通過核磁共振成像通常難以診斷。