完全縱隔子宮手術存在一定風險，但風險程度因個體差異和手術方式等因素而不同。
手術主要風險包括術中出血，因為子宮是血運豐富的器官，在切除縱隔過程中可能損傷血管導致出血。若止血不及時，可能引發失血性休克等嚴重后果。子宮穿孔也是潛在風險之一，尤其是縱隔較厚或手術操作不夠精準時容易發生，這可能會損傷周圍臟器如膀胱、直腸等，增加術后感染和臟器功能受損的概率。此外，術后可能出現子宮粘連，影響子宮正常形態和功能，進而對生育產生不利影響，如導致不孕、流產、早產等。
不過，隨著醫療技術的發展，如采用宮腔鏡等微創技術進行手術，能在一定程度上降低風險，提高手術的精準性和安全性。手術醫生的經驗和技術水平對手術風險的把控也比較重要。如果女性被診斷為完全縱隔子宮且有生育需求，應及時就醫。