甲狀舌管囊腫通常不會自愈，需要進行手術治療。甲狀舌管通常在胎兒6周左右自行閉鎖，若甲狀舌管退化不全，即可形成先天性囊腫，感染破潰穿透皮膚后會形成甲狀舌管瘺。
甲狀舌管囊腫屬于頸部常見的先天性畸形，因此通常不會自愈，多見于15歲以下的兒童，表現為在頸部前區中線舌骨下方有直徑1-2cm的圓形腫塊，邊界清楚、表面光滑、有囊性感，并能隨患者吞咽或伸縮舌而上下移動。穿刺檢查可以抽出透明、略混濁、黃色的稀薄液，甲狀舌管囊腫可以自行破潰或誤診為膿腫經切開引流，形成甲狀舌管瘺。甲狀舌管瘺如果長期不治還可以發生癌變，通常情況下建議患者進行手術切除。
甲狀舌管囊腫治療一般采用開放手術方式或微創腔鏡手術，局麻或全麻均可，需完整切除囊腫或瘺管，并切除部分舌骨，以徹底清除囊壁或竇道，以免復發。患者存在甲狀舌管囊腫時，不要抱有僥幸心理，盡可能做到早發現、早診斷、早治療。