一般腎囊腫在5cm以下，且未影響腎臟功能時，可以進行觀察處理。若腎囊腫較大，超過5cm可能會對腎臟造成壓迫，影響腎臟功能，此時需要進行治療處理。臨床上對于大的腎囊腫的治療方法，需采用手術，常見的包括腎囊腫穿刺硬化治療、腎囊腫去頂減壓術、腎囊腫切除術，患者可根據自己的具體情況，選擇治療方式。
1、腎囊腫穿刺硬化術：指的是通過穿刺抽囊液，減輕腎囊腫壓迫癥狀，同時注入硬化劑，減緩腎囊腫增大速度，從而達到治療大的腎囊腫的目的。這種治療方法效果好，創傷小，恢復快，是臨床比較常用的處理措施；
2、腎囊腫去頂減壓術：是一種切除突出腎實質表層以外的囊壁，破壞完整囊腔結構，并引流囊液的手術操作。一般通過腎囊腫去頂減壓后，腎囊腫會逐漸縮小至不存在；
3、腎囊腫切除術：指的是通過對大的腎囊腫進行完全切除，從而達到治療目的的手術操作。此手術后創傷相對較大，恢復較慢，但復發幾率小于以上兩種。