如果吃了使用泡沫箱種的菜，一般不會對身體產生明顯的傷害。首先，能進行使用的泡沫箱一般都達到了安全級別，其主要成分為聚苯乙烯，化學性質趨于穩定，不僅比較難溶于水，而且還可以耐受高溫條件。因此在正常日照條件下，出現分解的可能性較小，也比較難以釋放出有毒、有害物質。
即使經過長時間的風吹日曬，泡沫箱有少量聚苯乙烯成分發生分解，被釋放入菜內的含量也極其少，因此不必過于擔心。但為了保證蔬菜質量以及未來澆灌問題，一般建議使用專門種植蔬菜的箱子來種菜。
泡沫箱種菜不能直接種，需提前在箱子四周打孔，既可以保證與空氣接觸，也可以避免出現積水情況，可以保證蔬菜的生長，防止菜苗無法存活或腐爛。