十二指腸憩室患者可以在醫生的指導下根據自身癥狀來選擇適合的藥物服用，比較常用的包括抗生素類藥物、鎮痛類藥物以及解痙藥物等。
1、抗生素類藥物：當十二指腸憩室患者出現腸道細菌感染的情況下，可以自行選擇抗生素類藥物來幫助治療，如頭孢氨芐膠囊、阿米卡星、乙酰螺旋霉素片、諾氟沙星膠囊等。
2、鎮痛類藥物：鎮痛類藥物的主要作用在于緩解疼痛，因此當十二指腸憩室患者出現較為嚴重的腹痛癥狀時，可以根據實際情況選擇服用鎮痛類藥物，常見的非甾體抗炎藥有阿司匹林、布洛芬、保泰松、塞來昔布等。但服用鎮痛類藥物需謹慎，為了避免引起副作用，需要嚴格控制用量。
3、解痙藥物：當十二指腸憩室伴有腸梗阻的情況下，患者可以考慮適當服用解痙藥物，如阿托品、消旋山莨菪堿、顛茄等。這類藥物主要的作用在于緩解腸道痙攣，在服用藥物期間，患者還要注意嚴格且及時地對梗阻癥狀予以監測。
如果出現腹脹、反酸等癥狀時，可以選擇可緩解腹脹癥狀的藥物，也可以服用一些具有抑制胃酸分泌作用的藥物，這對于十二指腸憩室的治療是有很大幫助的。當然，根據醫生的建議，患者也可以選擇服用其他類型的藥物。