一般不存在慢性咽炎艾灸效果最好的穴位，此時艾灸治療大椎穴、天突穴、肺俞穴、風池穴、少商穴等部位效果最為顯著，患者在進行艾灸時應在專業醫生的建議和指導下進行，不應私自操作。
1、大椎穴：位于人體后正中線上，第七頸椎棘突下凹陷處。艾灸此穴位可幫助提升陽氣、調節免疫，對于慢性咽炎引起的咽喉腫痛等癥狀有一定的緩解作用。
2、天突穴：位于頸前區，胸骨上窩中央，前正中線上。
功效：艾灸天突穴有助于理氣化痰，減輕咽部的不適感，如咽部異物感、干癢等。
3、肺俞穴：位于第三胸椎棘突下，后正中線旁開1.5寸處。艾灸肺俞穴可以補虛清熱，宣肺止咳，對于慢性咽炎引起的咳嗽癥狀有緩解作用。
4、風池穴：位于頸后部。艾灸此處可以疏風清熱，醒腦安神，有助于改善慢性咽炎引起的頭痛、眩暈等癥狀。
5、少商穴：位于手拇指末節橈側。艾灸少商穴可以清熱利咽，醒腦開竅，對于慢性咽炎的咽部不適癥狀有一定的緩解作用。
在進行艾灸時，需要注意掌握好溫度和距離，避免燙傷皮膚。艾灸只是慢性咽炎綜合治療的一部分，不能單純依靠艾灸來完全治愈疾病。