乳頭瘤菌一般指乳頭瘤病毒。皮下乳頭瘤病毒感染可能會長痣。具體分析如下：
當人體免疫力降低時容易受到乳頭瘤病毒的感染，會導致皮膚上有綠豆大小的肉質存在，而且表面不光滑，比較粗糙。所以皮下感染乳頭瘤病毒后可能會長痣，但長痣并不一定是由于感染乳頭瘤病毒引起的。還可能有可能是色素沉著引起的。皮膚代謝增生或者局部皮膚受到過度摩擦也會形成痣。
乳頭瘤病毒感染大多是由于進行不潔的性生活、和患者共同使用私人物品導致的，可以到醫院做激光或冷凍去除痣。