頭痛做核磁共振是否能查到原因，需要根據引起頭痛的原因來判斷。具體分析如下：
頭痛是日常生活中比較常見的一種癥狀，引起頭痛的原因比較多。若患者的頭痛是腦梗死、腦供血不足、腦缺血等腦部疾病引起的，去正規的醫院做核磁共振通常是能查出來的，查出來原因后需要在醫生的指導下進行治療，以免病情加重，嚴重影響身體健康以及正常生活。
需要注意的是，頭痛也可能不是某些腦部疾病的，可能是感冒、高血壓等因素引起的，也可能是不良的生活習慣引起的，如精神過度緊張、睡眠不足等，這些原因引起的頭痛做核磁共振一般不能查出來。