雙歧桿菌三聯活菌散屬于益生菌類藥物，不建議長期吃，尤其是健康人群，長期服用可能會影響到腸道菌群，影響到身體健康。但如果有醫囑，建議長期吃，應遵醫囑進行。
雙歧桿菌三聯活菌散主要由益生菌組成，口服后不會被肝臟吸收，多分布在腸道內。可以促進腸道的益生菌增殖，形成腸道的黏膜屏障，起到保護腸道、調節腸道免疫功能的作用。
由于雙歧桿菌三聯活菌散屬于藥物，在身體正常的情況下沒有消化性疾病或者其他表現，一般不建議長期吃此藥物長期服用可能會對藥物產生耐藥性，影響腸道菌群平衡，可能會導致腸道自身的調節功能減弱，一旦停藥，反而容易出現腸道功能紊亂。
但是也可能存在特殊情況，尤其是胃腸功能較弱的患者，此時身體出現腹脹、腹瀉、消化不良等癥狀，可能需要長時間使用雙歧桿菌三聯活菌散，但是具體情況需要咨詢主治醫生，在醫生的監測下使用該藥物來調節腸道功能，以免影響到身體健康。
需要注意的是，雙歧桿菌三聯活菌散這類益生菌不能夠與抗生素合用，且需要冷藏保存，否則益生菌會失效，服藥時達不到預想的效果。在用藥過程中，避免自行停止或更換藥物，應嚴格遵醫囑使用。