沙眼衣原體核酸定量低于檢測下限，主要見于身體內并沒有感染沙眼衣原體的情況。此外，也可見于曾經感染過沙眼衣原體后，通過規范治療完全治愈的情況。
1、體內沒有感染沙眼衣原體：沙眼衣原體核酸定量低于檢測下限，可能說明體內沒有感染沙眼衣原體。通常是通過取眼角部位的分泌物或者生殖部位的分泌物來檢查，結果為沙眼衣原體核酸定量低于檢測的下限，明確不含有沙眼衣原體，為正常的檢查結果；
2、感染過沙眼衣原體后治愈：沙眼衣原體核酸定量低于檢測下限，也可能是曾經感染過沙眼衣原體后，通過規范治療，比如使用大環內酯類藥物，如羅紅霉素片、阿奇霉素片等，殺滅沙眼衣原體，使炎癥緩解，最后痊愈。此時取眼角部位的分泌物或者生殖部位的分泌物，檢查結果也可能為沙眼衣原體核酸定量低于檢測下限，說明完全已經達到治愈。