臨床并沒有明確表明小兒肛瘺最佳手術時間，但一般都是越早做手術效果越好。如果小兒出現異常表現，建議家長及時帶往醫院進行檢查和治療，以免耽誤病情。
小兒肛瘺主要為炎癥導致，如使用攜帶細菌的尿布擦拭肛門等，家長平時需要注意保持小兒肛門局部衛生。肛瘺是比較嚴重的疾病，同時可能會出現較多并發癥，若治療不及時，還有可能會引起肛裂，對小兒的直腸功能造成一定的影響，可能會致使小兒大便無法正常排出。因此，在發現小兒患有肛瘺以后，需要及時為其治療，避免肛瘺反復發炎。
如果發現小兒肛瘺部位有分泌物流出，還有疼痛、潮濕等情況，則需給小兒進行手術。可通過肛門指檢和肛門鏡檢的方法判斷，建議選擇經驗豐富的醫生，手術成功率會比較高。肛瘺有可能會復發，所以要讓小兒養成良好的生活習慣，每天按時排便；最好在排便以后使用溫開水清洗肛門處，防止細菌感染。