兩三天不洗頭頭頂發根就疼可能是衛生不佳、脂溢性皮炎、毛囊炎、接觸性皮炎、頭癬等因素所致，患者應該及時就醫檢查，通過日常護理、藥物治療等方式進行處理。
1、衛生不佳：衛生不佳可能會導致頭皮上積累過多的油脂、灰塵和皮屑，進而可能會堵塞毛囊，引起頭皮的瘙癢和疼痛，特別是在發根部位。患者應該保持良好的衛生習慣，同時可以適當縮減洗頭時間，使用溫和的洗發水和護發素。
2、脂溢性皮炎：脂溢性皮炎是一種常見的慢性皮膚炎癥，可能會影響頭皮的油脂分泌。當油脂分泌過多時，容易滋生細菌，引起頭皮紅腫、疼痛、瘙癢。患者可以在醫生的指導下使用地奈德乳膏、復方地塞米松乳膏、水楊酸軟膏等藥物進行處理，可以有效改善不適癥狀。
3、毛囊炎：毛囊炎是毛囊的炎癥，通常由細菌或真菌感染引起，炎癥刺激可能會導致頭皮出現紅色丘疹、膿皰，伴有疼痛和瘙癢，洗頭時間間隔較長可能會刺激病灶，加重不適癥狀。建議患者在醫生的指導下使用莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏、紅霉素軟膏等藥物進行消炎處理。
4、接觸性皮炎：如果患者頭頂經常接觸花粉、粉塵、動物皮毛等過敏原，則可能會誘發過敏反應，而兩三天不洗頭可能會導致過敏原無法合理清除，進而可能會出現紅腫、瘙癢、灼熱感等癥狀，嚴重時可能出現水皰或滲液。患者可以在醫生的指導下服用氯雷他定片、鹽酸西替利嗪片、鹽酸異丙嗪片等抗過敏藥物進行處理。
5、頭癬：頭癬是由真菌感染引起的頭皮疾病，真菌在頭皮上繁殖之后，可能會導致頭皮炎癥和疼痛，還可能出現不規則形的脫發斑，邊緣清晰，表面有鱗屑。而不洗頭可能會加重真菌繁殖的情況，進而導致癥狀更為明顯。建議患者在醫生的指導下使用硝酸咪康唑乳膏、復方酮康唑軟膏、鹽酸萘替芬軟膏等抗真菌藥物進行處理。
此外，患者恢復期間應該注意合理休息，避免勞累、熬夜，以免影響恢復。