男性尿道里面隱隱作痛可能是尿道炎、前列腺炎、尿道結石、精索靜脈曲張等因素引起的，需對癥進行治療。
1.尿道炎：尿道炎一般是尿道的黏膜出現的炎癥性感染，因炎癥刺激，可能會出現組織損害，出現疼痛的癥狀，常會伴有尿頻、尿急等現象?；颊呖稍卺t生的指導下使用鹽酸米諾環素片、紅霉素軟膏、左氧氟沙星片等藥物進行治療。
2.前列腺炎：該病一般是指各種病因引起前列腺組織出現的炎癥，常會出現尿頻、尿急等癥狀，還可能因炎癥刺激，導致尿道黏膜出現紅腫、瘙癢、疼痛等癥狀?；颊呖稍卺t生指導下使用硫酸妥布霉素注射液、頭孢拉定片、鹽酸莫西沙星片等藥物進行治療。
3.尿道結石：該病通常是指體內部分成分在尿道中形成結石，從而導致患者出現一系列以泌尿系統癥狀為主要特征的疾病，常見的臨床表現為尿道疼痛，一般會活動、排尿時加重，常會伴隨惡心、嘔吐、血尿等癥狀。建議患者在醫生指導下使用排石顆粒、金錢草顆粒、尿石通丸等藥物進行治療。
4精索靜脈曲張：該病一般是指精索靜脈回流不好形成迂曲擴張的血管病變，血管回流不好，可能會導致男性陰莖組織受損，引起尿道痙攣、收縮，出現疼痛的癥狀?；颊呖稍卺t生指導下使用七葉皂苷鈉片、地奧司明片、華法林鈉片等藥物控制病情。
男性尿道里面隱隱作痛可到醫院的男科或泌尿外科進行治療，可通過尿常規、核磁共振、超聲檢查等方式明確病因，需要患者配合醫生進行檢查、治療。