腦干膠質瘤的整體治愈率較低，腦干膠質瘤屬于惡性腫瘤，惡性腫瘤在腦干的部位破壞性比較大，雖然可以手術治療，但手術后容易復發，而且病情進展較快，愈后較差，只有少數的腦干膠質瘤可以完全治愈，大多數的腦干膠質瘤可以通過治療延長生存時間或提高生存質量，但不能徹底治愈。
膠質瘤是死亡率比較高的腫瘤之一，其中膠質母細胞瘤中位生存期僅約為1 年，復發性膠質母細胞中位生存期僅為4個月，低級別腦干膠質瘤的5年存活率仍不到50%。
腦干膠質瘤需要綜合治療，而手術仍是治療腦干膠質瘤的主要手段，需要通過手術配合放化療，再使用基因靶向治療和免疫治療。手術切除后的患者要按時去醫院進行復查，并在康復師的指導下進行康復訓練。
在治療后，很多達到臨床治愈的患者會有一些后遺癥，出現永久性的頭痛、視覺、語言和聽力障礙、運動不協調、感覺障礙，部分患者還會伴隨著尿潴留、尿失禁等。